Juan Ciudad ONGD (JCONGD) pertenece a las siguientes redes, coordinadoras y federaciones de ONGD:
- Coordinadora de ONGD de España
- Red de ONGD de Madrid
- Coordinadora de ONGD Región de Murcia (CONGDRM)
- Federación Catalana de ONGD
- Coordinadora Valenciana de ONGD
- AECID (Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo)
- Coordinadora de ONGD de la Comunidad Foral de Navarra
- Coordinadora ONGD de Castilla y León
- Red de Entidades para el Desarrollo Solidario (REDES)
- Coordinadora Andaluza de ONGD
- Federación Aragonesa de Solidaridad
- Asociación "Con i Fatebenefratelli per i malati lontani" (Italia)
- Asociación "Indianhilfe" de Frankfurt (Alemania)
- St. John of God Fundraising Alliance (Internacional)
- St. John of God Development Company. Dublín (Irlanda)
- Fundación San Juan de Dios, A.C. México D.F. (México)
- Fundación Juan Ciudad-América. Bogotá (Colombia)